El examen conocido como "rooming-in" (internación conjunta) complementa al examen realizado en sala de partos. Como el recién nacido también sufre el stress del parto, es mejor realizarlo luego de las 12 horas de vida del bebé, ya que podrá expresar mejor los reflejos debido a que está más adaptado a su nueva vida. Entonces los reflejos de prensión, escalamiento, moro, etc. son más nítidos.

El color debe ser rosado, aunque las manos y pies pueden permanecer ligeramente azules y fríos. Esto desaparece en unos días.
A veces se observa la cara de un color azulado, principalmente en partos dificultosos o que presentaron una vuelta de cordón alrededor del cuello del bebé (circular de cordón). Esta coloración se llama "máscara equimótica" y también desaparecerá pronto.

La cabeza del bebé puede en las primeras horas aparecer "deformada", ya que al pasar por el canal del parto fue modificando su forma. Esto es posible gracias a las "fontanelas" ("molleras") que le permiten al bebé disminuir el diámetro de la cabecita sin dañar ninguna parte de la misma.
En pocas horas o días la cabecita tomará su forma normal.
A veces se forman tumoraciones (tumor serosanguíneo o cefalohematomas) que consisten en el acumulo de líquido sobre el cuero cabelludo, dando lugar a formaciones que luego desaparecerán, y que no afectarán el desarrollo neurológico del bebé.

Los párpados suelen estar edematizados (hinchados) y a veces también se presentan pequeños derrames de sangre en el globo ocular que no producirán daños en la visión.

Se revisan las orejas y la boca, para descartar malformaciones. Si hay algún diente, principalmente si la inserción es débil, debe ser removido para evitar la aspiración accidental del mismo.

Es bastante común, principalmente en bebés grandes y en partos dificultosos, la existencia de una fractura de clavícula. No hay que asustarse, ya que todas se curan y recuperan la anatomía normal.
Hay que manejar con cuidado el brazo del bebé, ya que le duele en los primeros días, hasta que se produzca el callo óseo. Al principio el bebé dejará quieto el brazo para evitar el dolor.
Ahora bien, en ausencia de fractura de clavícula, si el brazo está quieto hay que pensar en una "parálisis braquial". Esta es una falta de movimiento del brazo producida por alguna lesión en los nervios del hombro, en el momento en que el bebé desprende los hombros del canal del parto. Esto también le duele al bebé; el dolor desaparecerá, pero la parálisis puede seguir. Si el bebé no mueve el brazo pero sí la mano, el pronóstico suele ser bueno en cuanto a una recuperación con el tiempo y tratamiento especializado.

La respiración normal del recién nacido es irregular, por momentos muy rápida y seguida a veces por una pausa pequeña. Esto debe diferenciarse de una respiración agitada permanente (polipnea) la cual suele acompañarse de quejido o esfuerzo respiratorio, lo cual deberá ser evaluado por el neonatólogo.

Los sonidos o ruidos que realiza el recién nacido habitualmente son por obstrucciones nasales y secreciones "normales", que algunas pocas veces requieren de aspiración y evaluación de la permeabilidad de las narinas (orificios nasales).
Si esta manifestación sucede en el momento de alimentarse se debe a la forma en que succiona y traga, y/o a estridor laríngeo, que muchas veces de produce por inmadurez de la laringe.

El vómito del bebé es causado en general por secreciones o sangre que el bebé traga en el momento del parto, pudiendo ser verdoso si hubo meconio en el líquido amniótico. 
Si bien no es muy común que los pezones se lastimen inmediatamente, en el caso de que el bebé vomite sangre debe estudiarse bioquímicamente la sangre que vomitó, para establecer si es de la madre o de él, antes de iniciar cualquier estudio sobre el bebé.

La auscultación del corazón, que requiere de oídos entrenados, debe transmitir tranquilidad. La aparición de algún "soplo" (ruido agregado a los latidos cardíacos) debe tomarse con calma, ya que muchas veces son transitorios y no requieren de estudios especializados ni de la consulta con un cardiólogo infantil, siempre y cuando el bebé se alimente correctamente y no presente otras manifestaciones clínicas.

El abdomen ("la pancita") siempre se examina. Puede ser globuloso, pero blando.
El cordón umbilical, que tanto impresiona a los padres, debe higienizarse con una gasa embebida en alcohol para ayudar a que se seque y se desprenda. Normalmente se cae entre el quinto y el décimo día de vida, aunque a veces demora hasta 20 días.
El bebé puede ser bañado pasadas 24 horas luego de la caída del cordón.
Es bueno recordar que la forma del ombligo no depende de cómo se corta el cordón, sino de las condiciones anatómicas de cada bebé.
Es común encontrar hernias umbilicales, ombligos saltones con ruidos, que se reducen espontáneamente después del año, aunque algunos duran más tiempo.
Nunca se complican ni deben operarse, salvo a los 4-5 años y por razones estéticas y sociales (convivencia con otros chicos que preguntan o se burlan).

Las nenas pueden tener flujo y un pequeño sangrado vaginal debido a las hormonas de la mamá que atravesaron la placenta. Esto es normal y desaparece en días.
Los varoncitos suelen tener los testículos grandes, lo cual genera el orgullo de los padres, pero se debe a la retención de líquido (hidrocele) lo cual también desaparece. En el pene no hace falta correr la piel que cubre al glande (prepucio) hasta los 6 meses de vida. La circuncisión sólo debe realizarse por motivos religiosos, ya que si no existen síntomas no produce ningún beneficio.

La orina tanto en varones como en nenas puede teñir el pañal de un color rojizo que corresponde a pigmentos renales (uratos) y asustan a los padres quienes creen que es sangre.

Luego se realiza el examen de caderas y miembros para detectar luxaciones o deformidades.

Después el neonatólogo levanta al bebé como en la película del Rey León, no para asustar a los padres, sino para observar todos sus reflejos: paracaidista, caminar, trepar, reptar, prensión y el famoso "susto" al caer, o sea, el reflejo de moro. Todos estos reflejos pueden ser incompletos si el examen se realiza antes de las 12 horas de vida o bien luego de comer.

Finalmente el examen se completa evaluando la coloración de la piel en todo el cuerpo, pero principalmente en el tronco. Si aparece un color amarillento puede ser ictericia. Ésta aparece desde la cara hacia los pies. Es importante saber cuando comienza, ya que si lo hace dentro de las primeras 24 horas no es normal. También es importante saber hasta que parte del cuerpo llega, ya que si lo hace sólo en la cara y parte del tronco no es severa, pero si llega hasta los pies, puede serlo.
Hay que tener en cuenta factores de riesgo como prematurez, mamá diabética, incompatibilidad sanguínea (grupo y factor rh), bajo peso, etc.
Los papás deben saber que la ictericia se va desde los pies hacia la cabeza, y que lo último que desaparece es la pigmentación de la eclera (parte blanca del ojo).

Por supuesto también se controlan la temperatura y frecuencia cardíaca del bebé.
El examen en internación culmina con las recomendaciones para los padres, para que aprendan a detectar algún síntoma que pueda ser anormal, y para que no se asusten por todos aquellos signos que sí son normales.

En definitiva, como siempre decimos, desgraciadamente los bebés no vienen con manual de uso, y el aprendizaje de los padres de sus nuevas funciones es una tarea nada sencilla y a veces agotadora, pero absolutamente fascinante.